Theo văn bản đề nghị số 10255/BTC-Tổng cục Thuế ngày 20/07/2009 của Bộ Tài chính, thu nhập làm căn cứ tính số thuế được miễn 6 tháng đầu năm 2009 sẽ theo nguồn gốc phát sinh thu nhập thay vì theo thời điểm chi trả. Do vậy, tất cả các khoản thu nhập có nguồn gốc trong 6 tháng đầu năm 2009 đều được miễn thuế TNCN dù được chi trả vào thời điểm sau 30/6/2009. Ngược lại, những khoản được chi trả trước ngày 30/6/2009 nhưng có nguồn gốc thu nhập trong 6 tháng cuối năm sẽ không được miễn thuế.

Theo Bộ Tài chính, áp dụng cách tính này sẽ đảm bảo sự công bằng và bình đẳng cho các cá nhân thuộc đối tượng được miễn thuế. Cũng theo Bộ Tài chính, để đơn giản khi quyết toán thuế TNCN năm 2009, Bộ Tài chính đã đề nghị Chính phủ cho phép áp dụng chi quyết toán thuế đối với thu nhập phát sinh từ 1/7/2009 đến 31/12/2009. Như vậy, từ 1/7/2009, các khoản thu nhập từ tiền lương, tiền công bắt đầu tính thuế TNCN. Riêng các loại thu nhập từ đầu tư vốn, chuyển nhượng vốn, từ bản quyền, nhượng quyền thương mại... tiếp tục được miễn thuế đến 31/12/2009.